İslami muhasebe bugün birçok yönden çeşitli kısıtlarla karşı karşıyadır. Bunlardan en yaygın olanı tarihsel kaynak sıkıntısıdır. Bu kısıt hem geçmiş dönemlerde kaleme alınmış eserlere ulaşma hem de bu eserleri alıp inceleyecek insan kaynağı anlamında düşünülebilir. Günümüz akademi dünyasında kullanılan yaygın dil bilindiği üzere İngilizcedir. Oysa İslami muhasebenin temeli Arapça, Farsça ve Osmanlıca gibi Doğu dillerinde ortaya çıkmış ve gelişme göstermiştir. Bugün gelinen noktada bu dillerin kullanımı ya sınırlı bir alana hapsolmuş ya da Osmanlıca da olduğu gibi tamamen terk edilmiştir. Diğer taraftan geçmişte birçok dönemde çeşitli nedenlerle İslam kültür mirası yağmalama ve tahribata maruz kalmıştır. Bunlardan en meşhuru Moğol saldırıları olup bu saldırılar sırasında İslâm kültür mirasına dair pek çok kıymetli eserler yakılmış veya çeşitli şekillerde yok edilmiştir. XV. Yüzyılın sonlarına doğru Endülüs Müslümanlarının eserleri de benzer şekilde İspanyollar tarafından yağmalanmış ve tahrip edilmiştir. Yakın bir tarihteki Irak savaşı sırasında da Bağdat’taki Irak Ulusal Kütüphanesinin tahribi sonucu birçok İslami eser yağmalamaya maruz kalmıştır. Irak’ta aralarında Osmanlıca eserlerin de bulunduğu çoğu el yazması kitap olan yüz bine yakın kitabın bulunduğu yüzden fazla kütüphane ABD ve müttefiklerinin 1991 ve 2003 yıllarında gerçekleştirdikleri işgaller sırasında yağmalanmıştır.

İslami muhasebenin karşı karşıya olduğu bir diğer önemli sorun ise özellikle Batılı ülkelerde oldukça yaygın olan İslamofobi (İslam korkusu) yüzünden İslam ibaresinin negatif bir çağrışım uyandırmasıdır. Bu konuda gerek sosyal medya gerekse de televizyon kanalları ve gazeteler yoluyla İslam ve Müslümanlar hakkında kasıtlı olarak yanlış bilgiler yayılarak ya da terörle ilişkilendirme yapılarak insanların İslam’dan uzak durması amaçlanmaktadır. Bu nedenle İslam’ın gerekliliklerine dayalı bir muhasebe anlayışının İslam adıyla akademik camiada yer bulması da zorlaşmaktadır. Bununla birlikte İslami muhasebenin sadece Müslümanlara yönelik olduğu düşüncesi de İslami muhasebenin önünde duran diğer bir önemli kısıttır. Oysa İslam ifadesi muhasebenin İslam’a özgü tarafını değil daha ziyade muhasebenin göz ardı edilen dini tarafını tamamlamak için kullanılmaktadır. Bu noktada İsevî muhasebe, Musevî muhasebe gibi adlandırmaların neden yapılamayacağı gibi, haklı bir eleştiri yapılabilir. Bunun için öncelikle bir şeyin çok iyi anlaşılması gerekmektedir. Hiçbir din İslam dini kadar ekonomik hayata etki etmemiş ve bu anlamda dünyaya yayılmamıştır. İslam’ın etkisinin dünya genelinde zayıflayıp tekrar toparlanmaya başlamasıyla birlikte değişen dünyada özellikle ekonomide yeni arayışlar başlamış ve dolayısıyla İslam ekonomisi, İslami finans, İslami bankacılık, İslami muhasebe örneklerinde olduğu gibi İslam adı bu arayış sürecinde yaygın bir şekilde kullanılmaya başlanmıştır. Şayet bu arayış öncelikle Hristiyan ya da Yahudi dünyasında meydana gelmiş olsaydı belki de isimlendirme farklı şekillerde yapılmış olacaktı.

Günümüzde nüfusunun çoğunluğu Müslümanlardan oluşanlar da dahil hemen hemen bütün ülkeler ne yazık ki laik (seküler) yönetim anlayışlarına sahiptir. Bu anlayışlarda dini terimlerin kullanımı genellikle sınırlandırılmaktadır. Bu da Türkiye’de olduğu gibi İslam adıyla hiçbir kurum ya da faaliyetin yürütülmesine imkân vermemektedir. Bunun yerine özel finans kuruluşları, faizsiz bankacılık, faizsiz finans, faizsiz ekonomik, katılım bankacılığı, katılım finansı, el birliğiyle finansman gibi maksadı tam olarak yansıtmayan alternatif isimlendirmeler yapılmaktadır. Laik sistemlerde karşılaşılan bir diğer problem ise mevzuat noktasında yaşanmaktadır. İslami muhasebe ya da İslam ekonomisine dayalı diğer alanlarda yapılması gereken yasal düzenlemeler İslam dininin gerekliliklerini karşılaması gerektiği için mevcut sistem içerisinde büyük bir dirençle karşılaşmakta, bu durum yasa koyucuları geri adım atmaya ya da yasalarda yumuşatma yoluna gitmelerine yol açmaktadır.

İslami muhasebe alanında karşılaşılan bir diğer önemli sorun ise gerek Türkiye’de gerekse diğer ülkelerde İslami muhasebe konusunda gerekli donanıma sahip akademisyen ve uygulayıcıların oldukça sınırlı olduğu gerçeğidir. Bunun en temel nedenlerinden biri İslami muhasebenin disiplinler arası bir yapıya sahip olmasından ileri gelmektedir. İslami muhasebe alanında ihtisaslaşmak için bu alana ilgi duyan kişilerin hem muhasebe hem de İslam fıkhı konularında bir takım öğrenim sürecinden geçmeleri gerekmektedir. Günümüzde Türkiye’deki gelişmelere bakıldığında özellikle İslam finans alanında lisansüstü öğrenim sunan programların her iki alanı da kapsayacak şekilde tasarlandığı görülmektedir. Bu durum söz konusu olumsuzluğu giderme noktasında atılmış önemli bir adım olarak görülebilir. Bu alanda lisans programlarına hatta fakülteler kurulmasına ihtiyaç vardır.

Son olarak İslami bankalar tarafından uygulanan muhasebe politikaları mezhepsel görüş farklılıklarından kaynaklı olarak tam olarak düzenleme altına alınamamaktadır. Örneğin, mezhepsel görüş farklılıklarına bağlı olarak murabaha kârını tanımlamak için en az altı yöntemin kullanıldığı söylenmektedir. Ancak bu durum günümüz imkanları dahilinde İslam alimlerinin bir araya gelerek kolayca aşabilecekleri bir sorundur. Yeter ki temel hareket noktası mezhep taassubundan ziyade hakikate ulaşma çabasına dayalı olsun.